El empleador es quien debe encargarse del trámite de reconocimiento de las incapacidades y, en ese sentido, será el responsable de efectuar el pago de la incapacidad al empleado y solicitar el reembolso correspondiente.
Según el Ministerio de Salud, la normativa no establece como requisito para el reconocimiento de la incapacidad por parte de la EPS que la cotización haya sido realizada por el mismo empleador. Solo se indica que debe haberse realizado una cotización mínima a nombre del empleado durante las cuatro semanas inmediatamente anteriores al inicio de la incapacidad.
El artículo 121 del Decreto Ley 19 de 2012 establece que el procedimiento para el reconocimiento de una incapacidad debe ser llevado a cabo directamente por el empleador ante la EPS. Por lo tanto, en ningún caso se puede trasladar el trámite para obtener dicho reconocimiento al afiliado. Sin embargo, es responsabilidad del afiliado informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad o licencia.
En caso de controversias relacionadas con el reconocimiento y pago de una prestación económica entre la EPS y el aportante o empleador, estas serán resueltas por la jurisdicción ordinaria de acuerdo con lo establecido en el artículo 622 del Código General del Proceso (Ley 1564/12).
Dicha jurisdicción es competente para resolver disputas relacionadas con la prestación de servicios de seguridad social que surjan entre afiliados, beneficiarios o usuarios, empleadores y entidades administradoras o prestadoras.